Universitas Sultan Ageng Tirtayasa tidak hanya mengasuh program Sarjana dan Diploma III, akan tetapi juga menyelenggaran pendidikan Pascasarjana. Pembukaan Program Magister (S2) Universitas Sultan Ageng Tirtayasa merupakan sebuah respon atas mendesaknya kebutuhan tenaga profesional dalam berbagai bidang seiring dengan tuntutan perubahan di bidang pendidikan dan pemerintahan.

Kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas dan profesional merupakan suatu realitas sejalan dengan transformasi Provinsi Banten yang semula hanya sebagai wilayah Pembantu Gubernur/Karesidenan yang tidak cukup hanya SDM aparatur memiliki kualifikasi pendidikan Sarjana (S1), karenanya untuk menjawab kebutuhan pengembangan Sumber Daya Manusia tenaga pendidik dan kependidikan serta bidang-bidang profesi lainnya.

Kehadiran program Pascasarjana merupakan sebuah keniscayaan dan menjadi suatu kebutuhan. Selain itu, Pascasarjana merupakan kawah candradimuka pengembangan keilmuan yang dapat menghasilkan karya-karya ilmiah melalui riset unggulan dan menghasilkan lulusan yang memiliki kualifikasi teoretik, metodologis, analitik, dan praktis yang bermutu dalam ilmu pendidikan, Pendidikan Bahasa, Ilmu Hukum, Administrasi Publik, Ekonomi Akuntansi dan Manajemen.

Secara khusus Program Pascasarjana Universitas Sultan Ageng Tirtayasa bertujuan  menghasilkan lulusan dengan kualifikasi sebagai berikut:  menguasai teori-teori dalam disiplin Ilmu pendidikan, pendidikan bahasa, ilmu hukum, Ilmu Administrasi Publik,  Ekonomi akuntansi dan Manajemen secara komprehensif dan terpadu;  Mempunyai keinginan kuat untuk memajukan Ilmu pendidikan, pendidikan bahasa, ilmu hukum, Ilmu Administrasi Publik, Ekonomi Akuntansi dan Manajemen;  Memiliki kepekaan terhadap perubahan-perubahan lingkungan akademik maupun lingkungan kerja, yang diwujudkan dalam kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.

Setelah Universitas Sultan Ageng Tirtayasa berubah menjadi Perguruan Tinggi Negeri mengalami beberapa perubahan yang lebih baik. Perubahan ini menuntut Sivitas akademika mengembangkan misi yang sesuai dengn misi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang tercantum dalam lima pilar yaitu: 1) ketersediaan, 2) keterjangkauan, 3) kualitas (mutu dan relevansi), 4) keterjaminan, dan 5) kesetaraan. Perluasan akses dan pemerataan, ketersediaan, dan keterjangkauan menuntut Untirta untuk menyusun program berdasarkan pilar tersebut.

Oleh karena itu, penerimaan mahasiswa S1 pun dari tahun ke tahun semakin kompetitif dan mepertimbangkan hal-hal di atas, sehingga tersedia ruang yang terbuka bagi calon mahasiswa baik yang kemampuan ekonominya terbatas maupun berekonomi tinggi. Atas dasar itu pula menuntut Untirta untuk menyediakan akses studi lanjut bagi mahasiswa S1. Lulusan yang kian tahun kian meningkat ditambah juga lulusan dari perguruan tinggi lain di Provinsi Banten yang makin meningkat pula seingga tututan masyarakat memperoleh kesempatan studi lanjut juga kian bertambah.

Perkembangan di atas, menjadi tuntutan Civitas Akademika Universitas Sultan Ageng Tirtayasa untuk membuka program Pascasarjana. Oleh karena itu, pada tahun 2005 Untirta bekerja sama dengan Universitas Negeri Jakarta membuka S2 program studi Manajemen Pendidikan dan Pendidikan Bahasa telah meluluskan dua angkatan.

Berbekal pengalaman bekerjasama dengan Program Pascasarjana Universitas negeri Jakarta Pada tahun 2007, Untirta mengajukan ijin operasional dua program studi, yaitu: 1) Teknologi Pembelajaran (TPm) dan 2) Pendidikan Bahasa Indonesia (PBI). Kedua program studi ini memperoleh ijin operasional pada tahun 2008. Program Studi Pendidikan Bahasa Indonesia beroleh ijin operasional Dikti dengan nomor 3397/D/T/2008 dan Program Studi Teknologi Pembelajaran beroleh ijin operasional nomor 3397D/T/2008 Saat ini kedua program studi tersebut telah terakrediasi BAN PT. Program Studi Pendidikan Bahasa Indonesia terakreditasi dengan nomor 022/BAN-PT/Ak-IX/S2/X/2011 dan Program Studi Teknologi Pembelajaran terakreditasi dengan nomor 012/SK/BAN-PT/Ak-X/M/I/2013.

Tuntutan masyarakat mendorong agar Pascasarjana Untirta membuka program studi lain sesuai dengan kebutuhan. Pada tahun 2009 Pascasarjana Untirta mengajukan Proram Studi Ilmu Hukum  dan Magister Administrasi Publik. Pada tahun 2010 keluar ijin pertimbangan Dikti untuk Program Studi Ilmu hukum dengan nomor 3327.20/D2.2/2010 dan ijin operasional dengan Nomor 158/E/O/2013. Sesuai surat Edaran Dirjen Dikti, berdasarkan UU Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, program studi yang mendapat izin operasional setelah ditetapkan Undang-Undang Pendidikan Tinggi setara dengan Terakreditasi C selama 6 bulan untuk mempersiapkan akreditas oleh BAN-PT.

Pada tahun 2012 Organisasi dan Tatakerja (OTK) Untirta mengalami perubahan sesuai dengan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 29 tahun 2012,  Pascasarjana Untirta sudah  masuk dalam Organisasi dan Tata Kerja Universitas Sultan Ageng Tirtayasa. Hal ini berdampak positif karena Pascasarjana dapat mengembangkan diri sesuai dengan kebutuhan masyarakat dengan dukungan anggaran dari pemerintah.

Tuntutan masyarakat mendorong Pascasarjana Untirta agar membuka program studi lain sesuai dengan kebutuhan. Pada tahun 2009 Pascasarjana Untirta mengajukan Proram Studi Magister Ilmu Hukum  dan Magister Administrasi Publik. Pada tahun 2010 keluar ijin pertimbangan Dikti untuk Program Studi Ilmu hukum dengan nomor 3327.20/D2.2/2010 dan ijin operasional dengan Nomor 158/E/O/2013. Pada tahun 2014, Pascasarjana Unirta diberi mandat untuk menyelenggarakan Program Studi Magister Administrasi Publik dan Program Studi Ilmu Adminstrasi melalui Surat Dirjen DIKTI Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan nomor 343/E. E2./KL/2014 tentang Mandat penyelenggaraan program studi pada Universitas Sultan Ageng Tirtayasa.

Sumber daya Manusia Untirta semakin bertambah, kualifikasi dosen lulusan S-3, semakin mewarnai berbagai program studi. Pembukaan program studi untuk jenjang magister semakin jadi tantangan. Tantangan ini terus diubah menjadi peluang. Pada tahun 2014 Untirta mendapatkan ijin pertimbangan nomor 710/E2.2/KL/2014 untuk Program Studi Magister Manajemen dan nomor 815/E2.2/KL/2014 untuk Program Studi Akutansi. Tahun 2014 ini juga beberapa Program Studi lain siap mengajukan pembukaan program studi S-2.

Sumber daya Manusia Untirta semakin bertambah, kualifikasi dosen lulusan S-3, semakin mewarnai berbagai program studi. Pembukaan program studi untuk jenjang magister semakin jadi tantangan. Tantangan ini terus diubah menjadi peluang.

Program Studi Magister Akuntansi dengan surat Dirjen nomor : 815/E2/2/KL/2014, tanggal 4 Februari 2014 tentang izin pertimbangan dan SK Mendikbud nomor : 78/E/O/ 2014 tanggal 7 Mei 2014 tentang izin penyelenggaraan (Operasional) sudah Terakreditasi.

Program Studi Magister Manajemen dengan surat Dirjen nomor : 710/E2/2/KL/2014, tanggal 30 Januari 2014 tentang izin pertimbangan dan SK Mendikbud nomor : 108/E/O/ 2014 tanggal 19 Mei 2014 tentang izin penyelenggaraan (Operasional) Sudah Terakreditasi. Program Studi Magister Administrasi Publik dengn SK Mendikbud Nomor : 532/E/O/2014, tanggal 17 Oktober 2014 tentang Izin Operasional.

Pada tahun 2005 s.d. 2007 Untirta bekerja sama dengan UNJ meyelenggarakan Pascasarjana yang dipimpin oleh Direktur Prof. Dr. I Made Putrawan. Mulai tahun akademik 2008/2009 sebagai  tahun pertama menyelenggarakan Pascasarjana secara mandiri, Direktur Pascasarjana yang dijabat Dr. Sudadio, M.Pd (2008-2009). dilanjutkan oleh Dr. Benny Irawan, SH, MH, M.Si (2009-November 2011). Karena Dr. Benny Irawan, SH, MH, M.Si. mendapat tugas baru sebagai Pembantu/Wakil Rektor Bidang Akademik Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, ma untuk sementara Pascasarjana Untirta dipimpin Prof. Dr. H. Sholeh Hidayat, M.Pd (Rektor Universitas Sultan Ageng Tirtayasa) dan selanjutnya dipimpin oleh Dr. H. Chusaery RS, M.Si. serta kumudian diteruskan oleh Dr. H. Suherman, M.Pd., mulai tahun akademik 2005/2006 hingga sekarang kepemimpinan Pascasarjana Universitas Sultan Ageng Tirtayasa secara berturut-turut sebagai berikut: